Islam masuk ke Jawa melalui perdaganagn di kota-kota pelabuhan. Islam mulai dikenal di Pulau Jawa diperkirakan pada abad ke- 11 hingga 12 Masehi. Persebaran agama Islam di Pulau Jawa tidak bisa lepas dari peran Wali Songo.
Ketika Sunan Kalijaga mengembangkan Kota Demak menjadi pusat perkembangan agama Islam, Sunan Kudus memutuskan berpisah dan menyebarkan ajaran Islam di Kota Kudus. Seiring dengan berkembangnya Kota Demak, Kota Kudus juga berkembang.
Ajaran Islam diterima dengan mudah oleh masyarakat karena memberikan toleransi terhadap kebudayaan Hindu-Buddha dan animisme. Dalam buku Sejarah Peradaban Islam di Kudus (204) oleh Roes, Kota Kudus merupakan ibukota Kabupaten Kudus dengan luas sekitar 422,21 kilometer persegi.
Berdirinya Menara Masjid Kudus tidak lepas dari peran Sunan Kudus sebagai pendiri dan pemrakarsa. Sunan Kudus memiliki cara yang bijaksana dalam berdakwah.
Sunan Kudus menggunakan pendekatan fabian, yaitu menyesuaikan diri, menyerap, bersikap pragmatis, dan menempuh cara dengan melakukan kompromi parsial dengan semangat toleransi terhadap nilai-nilai budaya warga setempat yang kebanyakan memeluk agama Hindu. Salah satu sikap toleransi yang diajarkan Sunan Kudus yaitu pantang menyembelih sapi dan memakan dagingnya.
Hal tersebut dilakukan untuk menghormati warga masyarakat yang memelik agama Hindu. Bahkan sampai saat ini,masyarakat Kudus mengganti daging sapi dengan daging kerbau atau ayam. Baca juga: Peninggalan Sejarah Kerajaan Cirebon Bentuk akulturasi budaya Masjid Menara Kudus tampak berbeda jika dibandingkan dengan masjid-masjid pada umumnya.
Keunikan tersebut terlihat dari bangunan menara yang ada di sebelah tenggara masjid. Menara yang tersusun dari batubata merah tersebut meyerupai Nale Kulkul atau bangunan penyimpan kentongan di Bali. Melalui karakteristik inilah, Masjid Menara Kudus mencerminkan sikap tenggang rasa atau toleransi yang sudah ada sejak dahulu.
