Dilansir dari jurnal Perpaduan Budaya Islam dan Hindu dalam Masjid Menara Kudus (2017) oleh Andanti Puspita Sari Pradisa, perpaduan budaya dalam Masjid Menara Kudus terjadi karena cara penyampaian Sunan Kudus dalam mengajarkan Islam tetap menghormati masyarakat Kudus yang sudah memeluk ajaran Hindu. Penerapan budaya Hindu dalam Menara Masjid Kudus dapat dilihat dari pembagian bagian menara menjadi tiga, yaitu kaki, badan, dan puncak bangunan khas Jawa-Hindu.
Atap tajug bertingkat dua, penggunaan ornamen-ornamen, dan adanya candi siku yang berada di pintu masuk juga menjadi bukti akulturasi budaya. Adopsi budaya Jawa-Hindu juga terlihat pada delapan pancuran untuk wudhu, di mana diletakkan arca di atas pancuran tersebut. Masjid Menara Kudus merupakan ekspresi budaya masyarakat pesisiran dan nilai pendidikan multikultural yang tercermin di dalamnya.
Berdasarkan SK Menteri No 049/M/1999, SK Menteri No 111/M/2018, dan No REGNAS RNCB. 19990325.04.000294, Masjid Menara Kudus ditetapkan mnjadi Cagar Budaya kategori Situs Tingkat Nasional.
